การศึกษาภาวะพหุสัณฐานของนิวคลีโอไทด์เดี่ยวที่พบบ่อยในผู้ป่วยโรคเรื้อรังของประเทศไทยโดยใช้ชิป

Abstract

การศึกษาภาวะพหุสัณฐานของนิวคลีโอไทด์เดี่ยวที่พบบ่อยในผู้ป่วยโรคเรื้อรังของประเทศไทยโดยใช้ชิป เป็นโครงการที่ดำเนินการศึกษาในกลุ่มผู้ป่วยโรคเรื้อรัง จำนวน 1,800 ตัวอย่าง โดยในปีที่ 1 รับตัวอย่างจาก 4 โครงการ เพื่อดำเนินการสร้างข้อมูลพันธุกรรมมนุษย์ที่มีความละเอียดปานกลาง ได้แก่ ข้อมูลจีโนทัยป์ เพื่อให้เกิดชุดข้อมูลพันธุกรรมของชาวไทย ดังนี้ 1) โครงการวิจัย การศึกษาปัจจัยพันธุกรรมของกลุ่มประชากรระยะยาวสำหรับโครงการจีโนมิกส์ประเทศไทย จำนวน 849 ตัวอย่าง โดย ศ.นพ.รุ่งโรจน์ กฤตยพงษ์ และคณะผู้วิจัย 2) โครงการวิจัยความสัมพันธ์ระหว่างพหุสัญฐานและการกลายพันธุ์ที่สัมพันธ์กับโรคเบาหวานชนิดที่ 2 จำนวน 640 ตัวอย่าง โดย รศ.พญ.สมรักษ์ จึงสมาน และคณะผู้วิจัย 3) โครงการวิจัยการศึกษาขั้นสูงของลักษณะที่แสดงออกทางคลินิกและลักษณะทางพันธุกรรมในผู้ป่วยชาวไทยที่เป็นโรคคอเลสเตอรอลสูงทางพันธุกรรมเพื่อการประยุกต์ใช้ทางคลินิก จำนวน 73 ตัวอย่าง โดย ศ.นพ.วีรพันธุ์ โขวิฑูรกิจ และคณะผู้วิจัย 4) โครงการวิจัยการศึกษาความแปรผันทางพันธุกรรมในอาสาสมัครผู้ป่วยโรคอ้วนชาวไทย เพื่อพัฒนาคะแนนความเสี่ยงทางพันธุกรรมสำหรับประเมินความรุนแรงทางคลินิก และการตอบสนองต่อการรักษาอย่างจำเพาะบุคคล จำนวน 238 ตัวอย่าง โดย ดร.ชาติชาย ไชยชนะ และคณะผู้วิจัย โดยทำการถอดรหัสพันธุกรรมทั่วทั้งจีโนมในประชากรไทยด้วยเทคนิคไมโครอะเรย์โดยใช้ชิป ซึ่งเป็นแพลตฟอร์มของไมโครอะเรย์ที่มีความจำเพาะต่อประชากรที่มีเชื้อสายเอเชียตะวันออก เรียกว่า Asian Screening Array (ASA) ที่มีฐานข้อมูลพันธุกรรมชาวเอเชียที่มีจำนวนชาติพันธุ์ครอบคลุมภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ด้วยแพลตฟอร์มใหม่นี้มีความใกล้เคียงกับชาติพันธุ์ของตัวอย่างประชากรชาวไทยที่จะนำมาจีโนทัยป์ ยิ่งชาติพันธุ์ใกล้เคียงกันมากผลการทำจีโนทัยป์จะยิ่งมีความแม่นยำจากการตรวจสอบคุณภาพข้อมูล SNP genotype (SNP QC) จำนวน 659,184 ตำแหน่ง ด้วยโปรแกรมวิเคราะห์ GenomeStudio Software พบว่า มีจำนวน 1,760 ตัวอย่าง มีค่า Call rate > ร้อยละ 98 คือเป็นตัวอย่างที่ไม่มีข้อมูลการถอดรหัสพันธุกรรมขาดหายไป มากกว่า ร้อยละ 2 (2% missing data) และ จำนวน 40 ตัวอย่าง มีค่า Call rate < ร้อยละ 98 ตัวอย่างที่มีข้อมูลการถอดรหัสพันธุกรรมขาดหายไป มากกว่าร้อยละ 2 ตัวอย่างนั้นจะไม่ถูกนำมาวิเคราะห์ และจากการวิเคราะห์ข้อมูลลักษณะทางพันธุกรรม ด้วยโปรแกรมวิเคราะห์ PLINK โดยวิเคราะห์ความสมดุลประชากร ตาม Hardy Weinberg Equilibrium (HWE) ของข้อมูล SNP จำนวน 657,060 จากผู้ป่วยในโครงการวิจัย NCD ทั้ง 4 โครงการ พบว่า ส่วนใหญ่มีค่า P-value เท่ากับ 1 หมายถึง ไม่มีความแตกต่างกันในกลุ่มประชากร แปลว่าอยู่ในความสมดุล ในการศึกษานี้ จะยกตัวอย่างโรคที่พบบ่อยในคนไทยและความถี่อัลลีลของตัวอย่างกลุ่มยีนที่เกี่ยวข้องกับแต่ละโรค เพื่อเป็นประโยชน์ในการนำไปศึกษาเปรียบเทียบกับกลุ่มควบคุมต่อไป โรคภาวะไขมันในเลือดสูง Hypercholesterolemia มียีนที่พบรายงานจำนวนมาก ว่าเกี่ยวข้องกับการแสดงออกของโรค ได้แก่ LDLR, APOE และ PCSK9 พบความถี่อัลลีล (Minor Allele Frequency; MAF) ของทั้ง 3 ยีน และในโรคอ้วน (Obesity) มีการศึกษาเกี่ยวกับพันธุกรรมที่เกี่ยวข้องกับการแสดงออกของโรค โดยรวบรวมยีนจากการศึกษาด้วยวิธี Genome Wide Association Study (GWAS) ในประชากรเอเชียตะวันออก (Sun, Chang et al.) ในรายงานนี้ได้คัดเลือกกลุ่มยีนที่มีตำแหน่งพันธุกรรมที่ความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญ (P-value < 5.0E−8) บางตำแหน่งเพื่อรายงานความถี่อัลลีล ได้แก่ ยีน GIPR, FAM60A, CAMK1D, HERC4, RRP12, HLA-DRA, HLA-DRB5 และ QPCTL โรคความดันโลหิตสูง (Hypertension) มีการศึกษาเกี่ยวกับพันธุกรรมที่เกี่ยวข้องกับการแสดงออกของโรคด้วยวิธี Genome Wide Association Study (GWAS) ครั้งแรกในประชากรชาวยุโรปจำนวน 200,000 คน (International Consortium for Blood Pressure Genome-Wide Association Studies et al.) ในรายงานนี้ได้คัดเลือกกลุ่มยีนที่มีตำแหน่งพันธุกรรมที่ความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญ (P-value < 5.0E−8) บางตำแหน่งเพื่อรายงานความถี่อัลลีล ได้แก่ MOV10, SLC4A7, MECOM, SLC39A8, GUCY1A3 และ GUCY1B3 จากผลการวิเคราะห์เบื้องต้นของแต่ละกลุ่มโรค NCD ทำให้ทราบถึงลักษณะทางพันธุกรรมที่มีความสัมพันธ์ต่อการแสดงออกของโรค ซึ่งปัจจัยทางพันธุกรรมของผู้ป่วยกลุ่มโรค NCD จะต้องวิเคราะห์ร่วมกับลักษณะฟีโนไทป์ (Phenotype) และพฤติกรรมการดำเนินชีวิต การกิน การนอน การพักผ่อน การออกกำลังกายและการทำงานต่างๆ ของผู้ป่วย โดยข้อมูลเหล่านี้จะถูกวิเคราะห์แยกตามโครงการวิจัย เพื่อนำองค์ความรู้เหล่านี้ไปศึกษาต่อยอดในการวินิจฉัย ป้องกัน ควบคุมและรักษาโรคให้มีประสิทธิภาพในกลุ่มโรคไม่ติดต่อเรื้อรังในประเทศไทยต่อไป