บทคัดย่อ
การศึกษานี้มีวัตถุประสงค์ที่จะศึกษาการนำเทคโนโลยีการวิเคราะห์ลำดับสารพันธุกรรมใหม่ (Next Generation Sequencing) มาใช้ในกระบวนการวินิจฉัยทางคลินิกสำหรับผู้ป่วยซึ่งมีภาวะดีซ่านชนิดน้ำดีคัดคั่งในวัยทารก เน้นศึกษากลุ่มผู้ป่วยที่ได้รับการวินิจฉัยท่อน้ำดีตีบ ได้รับการผ่าตัดรักษาและมีข้อมูลการดำเนินโรคหลังการผ่าตัด รวมทั้งทารกซึ่งมีลักษณะทางคลินิกคล้ายคลึง กล่าวคือมีภาวะดีซ่านแบบน้ำดีคัดคั่งแต่มีหลักฐานทางรังสีวิทยาและลักษณะตรวจพบระหว่างการผ่าตัดชี้ชัดว่ามิได้เป็นโรค สมมติฐานของการศึกษา คือ ข้อมูลทางพันธุกรรมอาจช่วยจำแนกทารกซึ่งมีภาวะเหลืองแบบน้ำดีคัดคั่งกลุ่มซึ่งมีโอกาสน้อยที่จะได้รับประโยชน์จากการผ่าตัดระบายน้ำดีด้วยวิธี hepatoportoenterostomy (HPE, Kasai operation) ออกจากกลุ่มผู้ป่วยทั่วไป งานวิจัยมีเป้าหมายในการเก็บตัวอย่างผู้ป่วย 64 ราย เพื่อส่งตัวอย่างและข้อมูลเข้าโครงการจีโนมิกส์ไทยแลนด์เพื่อตรวจสอบลำดับสารพันธุกรรมตลอดจีโนมและใช้ตัวอย่างส่วนหนึ่งเพื่อศึกษาเบื้องต้นที่ห้องปฏิบัติการของมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ในระยะเวลา 6 เดือนแรกของการดำเนินงาน โครงการได้รับการรับรองจากคณะกรรมการวิจัยในคน คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ โครงการจัดระบบการรับตัวอย่างทางคลินิกโดยจัดจ้างผู้ช่วยวิจัย 1 ท่าน และสร้างความร่วมมือกับระบบบริหารงานวิจัยทางคลินิก (Clinical Research Center, CRC) ระบบบริหารตัวอย่างทางชีวภาพ (Biobank) ของศูนย์วิจัยเวชศาสตร์ปริวรรต คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ และเริ่มเก็บตัวอย่างโลหิตจากอาสาสมัครซึ่งมีข้อมูลทางคลินิกเข้าได้กับเกณฑ์นำเข้าศึกษา จำนวน 64 ราย ในจำนวนนี้ได้ทดลองระบบการส่งตัวอย่างไปยังห้องปฏิบัติการของกรมวิทยาศาสตร์การแพทย์และทดลองสกัดสารพันธุกรรมเพื่อส่งตรวจสอบลำดับเบสตลอดส่วนแสดงออกและวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศแล้วทั้งหมด ซึ่งทำให้คณะผู้วิจัยมีความมั่นใจว่าระบบงานตั้งแต่การนำเข้าตัวอย่างไปจนกระทั่งการวิเคราะห์ข้อมูลมีความพร้อม ในระยะ 6 เดือนหลังของการศึกษา คณะผู้วิจัยมีแผนการใช้ระบบงานที่สร้างขึ้น รับตัวอย่างจนครบเป้าหมายและส่งเสริมโอกาสในการได้รับตัวอย่างโดยการสร้างความร่วมมือกับกุมารศัลยแพทย์และกุมารแพทย์หลายสถาบันในเครือข่ายวิจัยมหาวิทยาลัยส่วนภูมิภาค และสามารถปิดโครงการได้ตามกำหนด อีกทั้งได้ผลผลิตงานวิจัยเป็นผลงานทางวิชาการซึ่งสามารถนำเสนอในที่ประชุมทางวิชาการและเผยแพร่ในวารสารทางการแพทย์ชั้นนำ
บทคัดย่อ
Integration of genome sequencing in the diagnostic process for Thai infants with infantile cholestatic jaundice co-operated by Faculty of Medicine, Prince of Songkhla University and Health Systems Research Institute, Ministry of Public Health. To discover new genetic susceptibility of infantile cholestasis, next generation sequencing was implemented to operate in our study together with clinical finding and investigation. Focusing on biliary atresia, a half of cases had successful bile drainage from the hepatoportoenterostomy. According to similarity of clinical finding, the poor prognosis with naïve liver may be miss diagnosis from other cholestatic jaundice disease. Genetic biomarker became an important application to help discrimination of isolated biliary atresia and the others, improve post-operative outcome and delay queuing for liver transplantation. In our study, 64 individuals with cholestatic jaundice were included together with consent for blood sampling and genomic investigation under standard operation procedure of Genomic Thailand Consortium. All of retrieved samples and metadata information were processed at Translational Medicine Research Center (TMRC), Faculty of Medicine, Prince of Songkla University and delivered to Department of Medical Science, Ministry of Public Health. For the leftover specimens, whole exome sequencing was undergone to intensively discover pathogenic variants related to the cholestatic syndromes. Annotated exome sequences were comprehensively reviewed and discovered 45 possible deleterious variants. Moreover, genetic association was performed for SNPs located in ADD3 and EFEMP1 genes (rs2501577, rs17095355, rs6761893 and rs727878). The statistical appraisal of susceptibility shown significant association of first three SNPs with the disease together with additive biological interaction between both genes. In summary, we purpose that our study will be a beginning of implementation of high-throughput sequencing and genetic biomarker in pediatric surgical diseases.
