บทคัดย่อ
ปัจจุบันเทคโนโลยีการศึกษาการแสดงออกของยีนสามารถแบ่งมะเร็งลำไส้ออกเป็นรูปแบบต่าง ๆ (consensus molecular subtypes, CMS) ซึ่งเป็นแนวทางในการศึกษากลไกการเปลี่ยนแปลงมะเร็งลำไส้ รวมถึงการมุ่งเน้นเพื่อการรักษาโดยเฉพาะ โครงการฐานข้อมูลภูมิทัศน์จีโนมของมะเร็งชาวไทยเพื่อการแพทย์แม่นยำ ได้มีการนำเอาข้อมูล CMS และรหัสพันธุกรรมที่ได้จากการวิเคราะห์ด้วยเทคนิคของ next generation sequencing (RNA sequencing, Tumor DNA sequencing และ Blood DNA sequencing โดยใช้เทคนิค whole exome sequencing) และการวิเคราะห์ข้อมูลด้วยเทคนิคชีวสารสนเทศของชิ้นเนื้อคนไข้มะเร็งลำไส้ใหญ่ที่ทำได้มากกว่าจำนวนที่มุ่งหวัง (80 ราย) รวมทั้งสิ้น 100 ราย ในปีงบประมาณ 2563 โดยตัวอย่างนี้เป็นตัวอย่างจากผู้ป่วยมะเร็งลำไส้ที่เก็บไว้ในคลังเนื้อเยื่อคณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาลที่มีอยู่มากกว่า 300 ราย พบว่าข้อมูล CMS และการกลายพันธุ์ของคนไข้จำนวน 100 ราย มีความแตกต่างทางเชื้อชาติ ซึ่งผู้ป่วยมะเร็งลำไส้ระยะที่ 3 ของคนไทยพบ CMS3 มีอัตราการรอดชีวิตต่ำที่สุดอย่างมีนัยสำคัญ แตกต่างจากผลการศึกษาในต่างประเทศ จากผลการวิจัยเบื้องต้นดังกล่าวทางโครงการได้เผยแพร่ผลงานวิจัยระดับนานาชาติ ซึ่งอยู่ในระดับ Q1-Q3 เป็นจำนวนมากกว่า 2 บทความ นอกจากนี้ โครงการวิจัยอยู่ระหว่างพัฒนาแพลตฟอร์มและลดจำนวนยีนในการศึกษา CMS ควบคู่กับการศึกษาวิจัย เพื่อลดค่าใช้จ่ายให้ได้ใช้แพลตฟอร์มนี้เป็นบริการทางการแพทย์ได้จริง อีกทั้งทางโครงการ ได้เริ่มสร้างฐานข้อมูลของ RNAsequencing ที่เทียบเคียงกับระดับนานาชาติโดยฐานข้อมูลดังกล่าวอยู่ในฐานข้อมูลของ Gene expression omnibus (GEO) accession number GSE220150 และในปี พ.ศ. 2566 ทางโครงการจึงขอรับการสนับสนุนทุนจากแผนปฏิบัติการบูรณาการจีโนมิกส์ประเทศไทย เพื่อที่จะต่อยอดงานวิจัยโดยทำการเพิ่มจำนวนผู้ป่วยมะเร็งลำไส้อีก จำนวนอย่างน้อย 30 ราย โดยเป็นคนไข้มะเร็งลำไส้ระยะแพร่กระจาย (stage 4) เพื่อสร้างฐานข้อมูลภูมิทัศน์จีโนมของมะเร็งชาวไทยเพื่อการแพทย์แม่นยำที่มีจำนวนที่ใหญ่มากขึ้น โดยจะทำการศึกษาระดับ whole genome sequencing และการเพิ่ม validation cohort ในการแบ่งกลุ่มย่อยทางโมเลกุลจำนวนอย่างน้อย 10 ราย โดย validation cohort นี้ จะถูกนำมาใช้ในการศึกษาเชิงลึก ในโครงการย่อยอีก 1 โครงการ อันได้แก่ โครงการศึกษากลุ่มย่อยทางโมเลกุลและเซลล์ระบบภูมิคุ้มกันในสภาวะแวดล้อมของมะเร็งลำไส้ใหญ่เพื่อการรักษาอย่างแม่นยำ ฐานข้อมูลที่จะเกิดขึ้นต่อเนื่องจากโครงการนี้ทั้งในปี พ.ศ. 2563 และในปี พ.ศ. 2566 นี้จะถูกพัฒนา เชื่อมโยงกับข้อมูลทางคลินิกให้แล้วเสร็จ พร้อมทั้งเพิ่มจำนวนลงฐานข้อมูลมะเร็งลำไส้ของคนไทย และจะเป็นการต่อยอดโดยการนำฐานข้อมูลที่เกิดขึ้นมาพัฒนางานวิจัยให้เทียบเคียงกับต่างประเทศ เพิ่มขีดความสามารถการศึกษา และนำแพลตฟอร์มนี้มาใช้บริการทางการแพทย์ให้เหมาะสมกับคนไทยต่อไป
บทคัดย่อ
Colorectal cancer is an important contributor to mortality and morbidity
disease with highly heterogeneous genomic and transcriptomic levels. Nextgeneration sequencing (NGS) studies are becoming increasingly important tools for
exploring and detecting the role of genetic variation in complex diseases, including
cancer. Tissue and blood derived DNA are the current standard in whole-genome
sequencing (WGS) and whole-exome sequencing (WGS) as long as the quality and
quantity of human DNA in samples are sufficient. Recently, colorectal cancer is
characterized into distinctive four consensus molecular subtypes (CMS). These
subtypes provide a new paradigm for stratified treatment and drug repurposing. In
order to develop personalized medicine and to gain insight into the molecular wiring
and origin of CMS subtypes, reliable models are necessary. At here, Siriraj Hospital,
we have kept the buffy coats and cancer tissues from colorectal cancer patients in
Siriraj biobank. We were the first study to investigated and established the genome
landscape and database for Thai colorectal cancer from 130 patients. All genome
landscape from Thai colorectal cancer patients will provide and motivate the
innovation of cancer precision medicine in Thailand.
Recently, the consensus molecular subtype (CMS) in non-metastatic
colorectal cancer has clinical relevance, however the representativeness for
metastatic colorectal cancer is not well known. Here, we investigated the
heterogeneity metastatic CMS colorectal cancer using single cell spatial image
platform in combination with spatial transcriptomics, which may help to identify
and inform the development of metastasis-targeted therapies. The bulk whole
transcriptomic profiles from mRNA sequencing 30 metastatic primary colorectal
cancer were studied. Our platform will continually develop for clinical service.
Moreover, Thai genome database will initiate the frontier research in the future.
