บทคัดย่อ
โรคมะเร็งเป็นปัญหาสุขภาพที่สำคัญของประเทศ มะเร็งเป็นโรคที่เกิดจากการกลายพันธุ์ที่มีความหลากหลายสูง และในผู้ป่วยแต่ละรายมีการกลายพันธุ์ที่ไม่เหมือนกัน ปัจจุบันการตรวจติดตามด้วยภาพถ่ายทางรังสีและการตรวจหาค่ามะเร็ง เช่น CEA ยังมีความไวและความจําเพาะที่ไม่สูงมากพอ โดยเฉพาะการตรวจหามะเร็งในระยะเริ่มต้น และการตรวจหารอยโรคของมะเร็งที่ยังหลงเหลืออยู่หลังจากกระบวนการรักษา (Minimal residual disease หรือ MRD) งานวิจัยชิ้นนี้ได้ทดสอบตรวจวิเคราะห์ดีเอ็นเอของมะเร็งในเลือด หรือ circulating tumor DNA (ctDNA) ซึ่งเป็นแนวทางการตรวจติดตามด้วย liquid biopsy เป็นทางเลือกที่เป็นแบบไม่รุกราน ในการตรวจ ctDNA ใช้วิธี targeted sequencing ด้วย panel ในงานวิจัยชิ้นนี้ได้ทำการเทียบ panel สองรูปแบบคือ panel เฉพาะบุคคล (personalized panel) ที่สร้างขึ้นจากข้อมูลการกลายพันธุ์แบบโซมาติกที่ตรวจพบจากชิ้นเนื้อมะเร็งของอาสาสมัครผู้ป่วยมะเร็งในรูปแบบ FFPE และเทียบกับ shared panel ซึ่งสร้างจากข้อมูลการกลายพันธุ์ที่ตรวจพบในคนไข้มะเร็งเต้านมในประเทศไทย ร่วมกับการใช้ข้อมูลการกลายพันธุ์จากฐานข้อมูล TCGA เพื่อออกแบบให้ครอบคลุมการกลายพันธุ์แบบโซมาติกที่พบได้บ่อยในคนไข้มะเร็งเต้านม ในการวิจัยชิ้นนี้ได้มีการคัดเลือกอาสาสมัครผู้ป่วยมะเร็ง จำนวน 16 ราย จากโรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ สภากาชาดไทย และวางแผนติดตามก่อนและหลังผ่าตัดจนครบ 1 ปี ทั้งหมด 7 ช่วงเวลา จากผลการทดสอบพบว่า panel ทั้งสองชนิดสามารถใช้ตรวจติดตามได้ แต่การใช้ panel เฉพาะบุคคลจะมีความจําเพาะที่สูงกว่า และมี background mutation signal ที่น้อยกว่า shared panel และพบว่าการใช้ target sequencing จาก ctDNA มีผลที่สอดคล้องกับการติดตามด้วยภาพถ่ายทางรังสี นอกจากนี้มีอาสาสมัคร 1 ราย ที่การใช้ ctDNA สามารถบ่งชี้การกลับมาเป็นซํ้าได้ล่วงหน้าก่อนข้อมูลจากภาพถ่ายทางรังสี ดังนั้น การตรวจวิเคราะห์ ctDNA ด้วย target sequencing จึงเป็นทางเลือกที่น่าสนใจในการตรวจติดตามหา MRD ได้อย่างแม่นยําในผู้ป่วยมะเร็งเต้านม เพื่อให้การประเมินการกลับมาเป็นซํ้าและวางแผนการรักษาโรคมะเร็งเต้านมมีประสิทธิภาพสูงขึ้น
บทคัดย่อ
Cancer is a major health issue in Thailand. It is characterized by heterogeneous and patientspecific somatic mutations. Current methods for cancer follow-up such as imaging and tumor
marker test (including CEA) lack sufficient sensitivity and specificity for detection of early-stage
cancer and minimal residual disease (MRD). This study aims to use targeted sequencing to
analyze circulating tumor DNA (ctDNA) in plasma as an alternative, non-invasive liquid biopsy
approach for cancer monitoring. Two types of panels were developed and compared for
monitoring breast cancer patients. The first panel, personalized panel, were designed based on
individual somatic mutations identified from each patient’s tumor FFPE samples. The second
panel is a shared panel developed using common somatic mutation data from Thai breast
cancer cohorts and The Cancer Genome Atlas Program (TCGA) database. The shared panel aims
to be a single panel to cover common somatic mutations frequently found in breast cancer
patients. In this study, 16 patients from King Chulalongkorn Memorial Hospital (KCMH) were
enrolled. Each patient’s ctDNA samples were collected before and after surgery, with follow-up
over a period up to 1 year. The results showed that both personalized panel and shared panels
could be used for MRD detection. However, personalized panels exhibited the superior
specificity and lower background noise compared to the shared panel. Additionally, targeted
sequencing data from ctDNA was consistent with imaging results and other clinical data.
Notably, in one patient, ctDNA detection revealed tumor recurrence earlier than radiological
imaging. In summary, the ctDNA analysis by targeted sequencing with customized panel
represents a promising non-invasive alternative approach for detection of MRD, improving
cancer recurrence detection and enabling more accurate treatment planning for breast cancer
patients.
