บทคัดย่อ
ในการศึกษาวิจัยนี้ได้ถอดรหัสจีโนมเชื้อ S. suis จำนวน 139 สายพันธุ์ แบ่งเป็นเชื้อกลุ่มโคลน CC1 จำนวน 30 สายพันธุ์ กลุ่มโคลน CC104 จำนวน 40 สายพันธุ์ กลุ่มโคลน CC233 จำนวน 40 สายพันธุ์ กลุ่มโคลน CC25 จำนวน 15 สายพันธุ์ กลุ่มโคลน CC28 จำนวน 7 สายพันธุ์ และกลุ่มโคลน CC94 จำนวน 7 สายพันธุ์ ซึ่งได้ส่งทำ whole-genome sequencing เป็นที่เรียบร้อย โดยผลการวิเคราะห์จีโนมเชื้อในแต่ละกลุ่มโคลน พบว่า CC1 ประกอบด้วย ST1 จำนวน 16 สายพันธุ์ ST11 จำนวน 2 สายพันธุ์ ST105 จำนวน 10 สายพันธุ์ และ ST237 จำนวน 2 สายพันธุ์ กลุ่มโคลน CC104 ประกอบด้วย ST104 จำนวน 40 สายพันธุ์ กลุ่มโคลน CC233 ประกอบด้วย ST233 จำนวน 25 สายพันธุ์ ST379 จำนวน 6 สายพันธุ์ ST1656 จำนวน 8 สายพันธุ์ และ ST1713 จำนวน 1 สายพันธุ์ กลุ่มโคลน CC25 ประกอบด้วย ST25 จำนวน 11 สายพันธุ์ และ ST103 จำนวน 4 สายพันธุ์ กลุ่มโคลน CC28 ประกอบด้วย ST28 จำนวน 7 สายพันธุ์ กลุ่มโคลน CC94 ประกอบด้วย ST94 จำนวน 4 สายพันธุ์ และ ST1689 จำนวน 3 สายพันธุ์ ผลการวิเคราะห์ phylogeny บ่งชี้ว่า CC233 วิวัฒนาการมาจาก CC104 โดยทั้ง 2 กลุ่มโคลนนี้มีความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมใกล้ชิดกับ CC25, CC28 และ CC94 มากกว่า CC1 ซึ่งมีวิวัฒนาการมาจากอีก lineage หนึ่ง โดยเฉพาะเชื้อกลุ่มโคลน CC104 และ CC233 ที่พบแต่เฉพาะประเทศไทยเท่านั้น น่าจะอุบัติขึ้นในช่วงทศวรรษที่ 20 คือประมาณปี ค.ศ. 1978 สำหรับกลุ่มโคลน CC104 และประมาณปี ค.ศ. 1997 สำหรับกลุ่มโคลน CC233 เมื่อเปรียบเทียบจีโนมเชื้อ S. suis serotype 2 ได้แก่ CC1, CC25, CC28, CC104 และ CC233 มียีนที่จำเพาะในแต่ละกลุ่มโคลนเท่ากับ 13, 194, 241, 208 และ 214 ตามลำดับ ซึ่งสามารถพัฒนานำมาเป็น marker สำหรับการพยากรณ์กลุ่มโคลนแต่ละชนิดได้ในอนาคต S. suis ที่แยกได้จากคนไทย มียีนดื้อยา tetracycline ชนิด tetO และยีนดื้อยากลุ่ม macrolide ชนิด ermB เป็นชนิดเด่น โดย S. suis กลุ่มโคลน CC104 และ CC233 มียีนดื้อยา vgaLC ที่ทำให้ดื้อต่อยา pleuromutilin เป็นสำคัญ โดยเชื้อ S. suis ในการศึกษานี้ ร้อยละ 36.7 ไม่ไวต่อยา penicillin โดยการไม่ไวต่อยา penicillin มีความจำเพาะต่อกลุ่มโคลน CC233 และ CC104 มากที่สุด นอกจากนี้ Concatenated sequence ของลำดับกรดอะมิโนของ PBP2B, PBP2X และ MraY สามารถแยกความแตกต่างระหว่าง cluster ที่ไม่ไวต่อยา beta-lactam และ cluster ที่ไวต่อยา beta-lactam
บทคัดย่อ
In this study, whole-genome sequencing was performed on 139 S. suis isolates,
comprising 30 isolates from clonal complex (CC) 1, 40 from CC104, 40 from CC233, 15 from
CC25, 7 from CC28, and 7 from CC94. All isolates were successfully subjected to whole-genome
sequencing. Genomic analysis within each clonal complex revealed that CC1 consisted of 16
ST1 isolates, 2 ST11, 10 ST105, and 2 ST237. CC104 comprised 40 ST104 isolates. CC233 included
25 ST233, 6 ST379, 8 ST1656, and 1 ST1713. CC25 consisted of 11 ST25 and 4 ST103 isolates.
CC28 comprised 7 ST28 isolates, while CC94 included 4 ST94 and 3 ST1689 isolates.
Phylogenetic analysis indicated that CC233 evolved from CC104. Both clonal complexes
are more closely related to CC25, CC28, and CC94 than to CC1, which originated from a distinct
lineage. Notably, CC104 and CC233 appear to be unique to Thailand and likely emerged in the
20th century, around 1978 for CC104 and 1997 for CC233. Comparative genomic analysis of S.
suis serotype 2 across CC1, CC25, CC28, CC104, and CC233 identified 13, 194, 241, 208, and 214
clonal complex–specific genes, respectively. These genes may serve as potential markers for
predicting clonal complex classification in the future.
Among S. suis isolates from Thai patients, the dominant antimicrobial resistance genes
were tetO (tetracycline resistance) and ermB (macrolide resistance). Notably, CC104 and CC233
harbored the vgaLC gene, conferring resistance to pleuromutilins. In this study, 36.7% of isolates
were non-susceptible to penicillin, with this phenotype most strongly associated with CC233
and CC104. Furthermore, concatenated amino acid sequences of PBP2B, PBP2X, and MraY were
able to distinguish between beta-lactam non-susceptible and susceptible clusters.
